Scooby-Doo ed i suoi amici della Mystery Inc. sono di nuovo insieme per risolvere un mistero nel mondo delle arti marziali. La gang viaggia verso il Giappone circumnavigando l'Asia ed il Pacifico alla ricerca di un tesoro che li aiuterà a risolvere una serie di antichi enigmi. Sarà una corsa contro il vendicativo Samurai Nero e i suoi Guerrieri Fantasma per trovare la leggendaria Spada del Destino, un'antica lama capace di sprigionare straordinari poteri.
